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对于关联基于关联规则AMPK蛋白激酶调控方式挖掘设计

收藏本文 2024-01-30 点赞:7650 浏览:23863 作者:网友投稿原创标记本站原创

摘要:作为一种重要的蛋白激酶,AMP-activated protein kinase (AMPK)在细胞的能量代谢中发挥着中心制约作用,并有望成为治疗代谢性疾病,如糖尿病、肥胖及代谢综合征的有效靶标。由此,深入探讨AMPK的结构、表达以及激活机制,将有助于理解AMPK的功能机理以及其在疾病中扮演的角色,并且能为疾病的诊断和治疗提供有效的案例。本论文分别采取正关联规则和负关联规则,以两个不同角度来浅析AMPK的各亚基之间的相互作用联系,以及外界刺激与各亚基之间的相互关联。本论文的实验数据是通过在NCBI数据库中搜索相关的生物/医学文献收集的。针对Apriori算法在挖掘历程中产生了大量项集,并且不能有效地识别有趣的项集的不足,本论文对其算法提出了改善:采取支持度约束来限定项集的产生;运用排序封闭在候选项集层进行剪枝;最后对频繁项集进行ε-聚类,减少项集的冗余。结合基于本论文探讨目的项集约束和规则约束,将改善后的正关联规则算法用于识别AMPK的正关联方式。实验结果表明改善后的算法提升了Apriori的效率,而且还识别了有用的AMPK激活方式。与正关联规则挖掘算法一样,负关联规则算法在挖掘历程中产生了较多负项集。针对这个不足,本论文对已有的负关联规则算法提出了改善:采取互信息在项目层进行剪枝,提取具有强信息联系的项目集合作为数据挖掘的初始项目集;并在负关联规则挖掘中运用支持度约束来制约负项集的产生,其中项目支持度阈值的计算策略比正关联规则中的计算策略有优势,能识别强规则。随后,将改善后的负关联规则算法用于挖掘AMPK的抑制方式。实验结果验证了改善算法能有效地识别AMPK在信号通路中的抑制方式,并能为疾病的诊断和治疗提供新颖的观点。关键词:AMPK论文正关联规则论文负关联规则论文互信息论文支持度约束论文ε-聚类论文

    摘要4-6

    ABSTRACT6-8

    目录8-10

    第一章 绪论10-16

    1.1 论文的选题背景与作用10-11

    1.2 探讨近况11-13

    1.2.1 AMPK的探讨近况11-12

    1.2.2 关联规则的探讨近况12-13

    1.3 论文的主要内容和组织结构13-15

    1.3.1 论文的主要内容13-14

    1.3.2 论文的组织结构14-15

    1.4 本章小结15-16

    第二章 相关知识16-25

    2.1 关联规则16-17

    2.1.1 相关概念16-17

    2.1.2 挖掘历程17

    2.2 正关联规则挖掘算法17-20

    2.2.1 Apriori算法原理18

    2.2.2 Apriori算法的实现18-20

    2.3 负关联规则挖掘算法20-22

    2.3.1 负关联规则的相关知识20

    2.3.2 负关联规则挖掘算法20-22

    2.4 信息论的相关概念22-23

    2.5 AMPK调控数据23-24

    2.6 本章小结24-25

    第三章 AMPK的正关联方式挖掘25-39

    3.1 正关联规则挖掘算法的改善25-30

    3.1.1 支持度约束25-27

    3.1.2 剪枝对策27

    3.1.3 频繁项集的ε—聚类27-30

    3.2 AMPK正关联方式的发现30-33

    3.2.1 项集约束和规则约束30

    3.2.2 挖掘算法历程及算法实现30-33

    3.3 实验结果33-38

    3.3.1 实验数据来源及其预处理33-34

    3.3.2 实验结果浅析34-36

    3.3.3 正关联规则的生物解释36-38

    3.4 本章小结38-39

    第四章 AMPK的负关联方式挖掘39-50

    4.1 负关联规则挖掘算法的改善39-42

    4.1.1 项目层的剪枝39-40

    4.1.2 支持度约束40-42

    4.2 AMPK负关联方式的发现42-45

    4.2.1 挖掘历程42-43

    4.2.2 挖掘算法的实现43-45

    4.2.3 规则后处理45

    4.3 实验结果45-49

    4.3.1 实验结果浅析45-47

    4.3.2 负关联规则的生物解释47-49

    4.4 本章小结49-50

    第五章 总结50-52

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