序列蛋白质序列特点表达与其在亚细胞定位预测中运用

摘要4-5

Abstract5-9

插图索引9-10

附表索引10-11

第1章 绪论11-18

1.1 探讨目的11

1.2 探讨背景和作用11-12

1.3 探讨近况12-16

1.3.1 蛋白质序列表达12-14

1.3.2 蛋白质亚细胞定位预测14-16

1.4 论文主要工作及结构安排16-17

1.5 小结17-18

第2章 蛋白质亚基定位的生物信息学探讨18-36

2.1 引言18

2.2 蛋白质介绍18-22

2.2.1 生命中心法则18-19

2.2.2 细胞的基本组成19

2.2.3 亚细胞结构及功能19-21

2.2.4 20 种天然常见氨基酸21-22

2.3 蛋白质序列的特点表达22-25

2.3.1 氨基酸组成23

2.3.2 伪氨基酸组成23

2.3.3 二肽组成23-24

2.3.4 AAindex 策略24

2.3.5 自相关函数24-25

2.4 蛋白质序列编码及相似性浅析25-30

2.4.1 基于物化特性的图形表示25-27

2.4.2 未基于物化特性的图形表示27-29

2.4.3 基于图形的序列相似性浅析策略29-30

2.5 蛋白质亚细胞定位分类预测策略30-35

2.5.1 基于机器学习的分类预测策略31-34

2.5.2 基于统计的分类预测策略34-35

2.6 小结35-36

第3章 基于 BLOSUM62 矩阵的特点提取策略36-46

3.1 引言36

3.2 实验平台36

3.3 基于 BLOSUM62 矩阵的蛋白质序列编码36-43

3.3.1 提取氨基酸的统计频率36-37

3.3.2 蛋白质比较表37-40

3.3.3 坐标系的构建40-41

3.3.4 坐标系可行性浅析41-43

3.4 蛋白质序列特点提取43-45

3.4.1 特点提取43

3.4.2 距离公式43-44

3.4.3 实验数据44

3.4.4 实验结果浅析44-45

3.5 小结45-46

第4章 基于蛋白质序列的亚细胞定位预测46-55

4.1 引言46-47

4.2 算法预测性能评估策略47-48

4.3 数据集48-51

4.3.1 数据来源48-51

4.3.2 测试集与训练集的组成51

4.4 蛋白质亚基定位预测实验与讨论51-54

4.4.1 实验结果51-52

4.4.2 算法比较结果52-54

4.5 小结54-55

结论55-57