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摘要：目的：探讨心脏发育相关基因T-box20(TBX20)的SNPs位点(rs6950175、 rs3999941)与新生儿先天性心脏病(Congenital Heart Disease, CHD)的相关性。对CHD相关的TBX20基因编码区SNPs进行浅析、筛选,确定可能影响基因功能的SNPs位点,为围产期CHD的预防和治疗对策提供论述依据。策略：1.利用NCBI网站SNPs数据库查找TBX20基因编码区所有SNPs,同时运用在线生物信息学工具SNPper软件查找TBX20基因编码区的SNPs。比较两种查询结果,确定所要探讨的SNPs位点。2.进行临床数据资料和临床标本收集和整理。采取病例-对照探讨策略,采集入组CHD患者和健康对照组患者外周血2ml,枸橼酸钠抗凝,于-80℃保存备用。3.基因测序并评价SNP位点和CHD的相关性。血液基因组DNA提取→引物准备→PCR扩增目的片段→PCR产物的鉴定→PCR产物测序→数据浅析。运用SPSS17.0软件进行相关数据浅析：病例与对照组间SNP位点等位基因频率及基因型频率的比较,各基因型与CHD发病危险性的联系。结果：1.确定的TBX20基因2个SNP位点分别为rs6950175:C.765CA (Ile255Ile)及rs3999941:c.766TC (Phe256Leu)。2.本探讨中rs6950175位点新生儿病例与对照组中均体现为C/C纯合型基因,故未对该位点做进一步统计学浅析；rs3999941位点病例与对照组探讨发现,病例组TC基因型的频率高于对照组(χ2=9.93,P0.05),且C等位基因频率亦高于对照组(χ2=7.29,P0.05)。TC基因型(OR=7.11) OR大于1,所以TC基因型可使CHD发生的危险度增加。3.本实验新发现了TBX20基因的c.657AC (Ile219Ile)位点有着A/C基因型,该SNP位点位于TBX20基因同源结构域内的exon5内,mRNA序列第657位A→C转变。4.TBX20基因新的SNPs位点c.657AC新生儿病例与对照探讨发现,CHD组的AC基因型频率高于对照组(χ2=6.52,P0.05),且C等位基因的频率亦高于对照组(χ2=13.46,P0.05)。AC基因型(OR=4.57)OR大于1,所以AC基因型使CHD发生的危险度增加。结论：1.通过对TBX20基因进行生物学信息浅析,综合dbSNP数据库和SNPper软件的检索结果,选择TBX20基因exon5内确定的SNP位点：rs6950175:(c.765CA)及rs3999941:(c.766TC)。2.选定的SNPs位点rs6950175(c.765CA)在病例与对照组中均体现为C/C纯合型基因,推测该位点可能与本组CHD的发生无关。选定的SNPs位点rs3999941:(c.766TC)的TC基因型(OR=7.11) OR大于1,使本组新生儿CHD发生的危险度增加。3.本实验直接测序结果发现了新的SNP位点c.657AC(Ile219Ile)。该新的SNP位点的AC基因型(OR=4.57)OR大于1,使本组新生儿CHD发生的危险度增加。关键词：先天性心脏病论文TBX_(20)基因论文单核苷酸多态性论文等位基因基因型频率论文优势比论文
中文摘要4-6
Abstract6-10
缩略语/符号说明10-12
前言12-16
探讨近况、成果12-14
探讨目的、策略14-15
技术路线图15-16
1 TBX_(20)基因编码区内SNPs的筛选及生物信息学浅析16-19
1.1. TBX_(20)基因相关生物信息学浅析16
1.2 TBX_(20)基因编码区SNPs的筛选16-19
2 对象和策略19-26
2.1 探讨对象19-20
2.2 实验设计20
2.3 实验原理20-21
2.4 主要仪器设备及实验试剂21-23
2.5 标本采集23
2.6 血液基因组DNA提取23
2.7 引物准备23-24
2.8 PCR扩增24
2.9 PCR产物鉴定24-25
2.10 测序和比较25
2.11 统计学浅析25
2.12 质量制约25-26
3 结果26-41
3.1 DNA质量的鉴定26
3.2 PCR产物的鉴定26
3.3 测序结果26-39
3.4 病例组与对照组间SNP位点的等位基因、基因型频率比较39-41
4 讨论41-47
结论47-48
本实验的不足与展望48-49