摘要：[背景]人类肠道病毒(Human Enteroviruses, HEVs)属于小RNA病毒科(Picorniridae)肠道病毒属(Enterovirus),目前有A、B、C、D4个组共109种血清型。HEVs抗原型别复杂,进化活跃,隶属不同组别的HEVs具有相同或相似的致病性,而导致不同疾病的HEVs在生物学特性和进化上非常相似和接近。根据HEVs抗原性及致病性的不同,最初被分为64个血清型：脊髓灰质炎病毒(Popoviruses, PV)1-3型,柯萨奇病毒A(Coxsackievirus A, CVA)1-22和24型,柯萨奇病毒B(CVB)1-6型和埃可病毒(Echovirus, Echo)1-7、9、11-21、24-27、29-33型,以及20世纪70年代后发现的新型肠道病毒(Newer Enteroviruses)EV68-71型。1999年,基于Oberste等提出的VP1基因序列的分子定型策略,许多利用传统血清学策略无法定型的HEVs(即新型HEVs)陆续被发现,目前已有50多个新型HEVs基因型,而且随着分子定型策略的推广,将来还会发现更多的新型HEVS。HEVs感染可以引起多种疾病,尤其对儿童健康危害大,已成为当前严重的公共卫生不足之一。HEVs隐性感染率高,人体感染病毒后通常不产生临床症状,但部分感染者可引起类感冒病症、永久性肢体麻痹、无菌性脑炎或脑膜炎、心肌炎、流行性肌痛、急性出血性结膜炎、手足口病(Hand Foot and Mouth Disease,HFMD)、疱疹性咽峡炎、Ⅰ型糖尿病等,严重者可导致死亡。新型HEVs是重要的人类致病病原,虽然发现较晚,但已有多起相关疾病的暴发和流行的报道,其感染严重威胁人群特别是儿童的健康与生命安全。EV71所致的手足口病暴发或流行已成为严重的公共卫生不足；EV70可导致急性出血性结膜炎流行；其他感染新型HEVs的体现有发热、消化道症状、呼吸系统疾病,严重者可伴有非特异性中枢神经系统疾病如无菌性脑炎、脑膜炎等病症。大多数新型HEVs基因型的致病性还有待进一步的认识。山东省是HEVs相关疾病的高发省份之一,曾发生过多起HEVs相关的无菌性脑膜炎、手足口病、急性出血性结膜炎等疾病的暴发或流行。国内对新型HEVs的探讨起步较晚,田炳均等仅对云南分离的部分新型HEVs(EV75,80,81,83,96)进行了VP1部分区域的测定和型别鉴定。因而,现阶段开展新型HEVs分子流行病学探讨,探讨本地流行株的型别和分子特点,对于制订新型HEVs所致相关疾病的防控对策和建立预测预警机制,均具有重要的论述和现实作用。[探讨目的]1.探讨新型HEVs山东分离株的基因型分布特点；2.探讨新型HEVs山东分离株的生物学特性和VP1基因的分子进化：3.探讨新型HEVs山东分离株各基因型的全基因组序列特点与重组。[探讨策略]1.对1989～2010年山东省急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis, AFP)监测系统中的病例标本、2007～2010年山东省手足口病病例标本,以及2010年临沂市无菌性脑膜炎病例标本,采取细胞培养的策略进行病毒分离。2.对病毒分离阳性但用HEVs组合血清中和试验无法定型的毒株,提取核酸并进行VP1完整编码区序列的扩增和测定。3.将获得的VP1完整编码区序列,在NCBI提供的BLAST怎么写作器上,通过HEVs分子定型策略进行序列比对和型别鉴定。4.将鉴定出的新型HEVs山东分离株与GenBank中其它国家和地区分离株,采取BioEdit7.1.3软件,对其VP1区核苷酸序列及其推导的氨基酸序列进行同源性比较；采取Mega4.0软件,以邻位法(Neighbor-joining Method)构建VP1区系统发生树,对新型HEVs山东分离株进行亲缘进化浅析。5.对部分新型HEV山东分离株血清型(EV71、EV75、EV76、EV90),采取BEAST1.6.2软件,进行进化遗传学浅析,推算该血清型的起源和进化速度,探讨该HEVs血清型在山东或中国大陆的流行史。6.对部分新型HEVs山东分离株血清型(EV71、EV73、EV75、EV76、EV90、EV96、EV97)分离株,进行全基因组序列测定。利用BioEdit7.1.3软件对其与原型株基因组序列进行比对；利用Simplot软件,浅析新型HEV山东分离株在基因组中的重组。[主要结果]1.新型HEVs山东分离株的基因型分布本探讨鉴定出新型HEVs山东分离株共有10个血清型213株,分别是EV71(197株)、EV73(1株)、EV74(1株)、EV75(2株)、EV76(2株)、EV80(3株)、EV87(1株)、EV90(3株)、EV96(2株)、EV97(1株)。EV71分别源自AFP病例、HFMD病例和无菌性脑膜炎病例,其他9种血清型全部来源于AFP病例。2.EV71山东分离株VP1基因的分子进化本探讨将59株EV71山东分离株的VP1完整编码区进行了序列测定。其中包括1996～2010年AFP监测病例分离株(13株)、2007～2010年HFMD病例分离株(35株),以及2010年临沂市无菌性脑膜炎病例分离株(11株)。2003年之后分离到的EV71山东分离株,均属于亚型的a分支,具有高度的同源性,在进化联系上与中国大陆地区1997年以来分离到的EV71同属于一个亚型。2003年之前,仅有1株EV71分离株,来自1996年的AFP病例分离株,属于C2亚型,这也是在中国大陆地区首次发现C2亚型的EV71。EV71亚型在山东省的流行具有时间动力学特点,即不同时期的分离株在系统发生树上位于不同的进化特点。通过利用Beast1.6.2程序的贝叶斯MCMC多动力学策略,推算出EV71亚型的起源时间(Time of Most Recent Common Ancestor,tMRCA)在1994年,进化速度为每年每个核苷酸位置变异5.199×10-3个碱基。C2亚型与亚型山东分离株的共同祖先在1985年,提示在该时间EV71开始分化出C2和亚型。3.其他新型HEVs山东分离株VP1基因的分子进化(1)全球EV73分离株可分为2个基因群(Genogroup):A和B。基因群B成员较多,分离年代跨度大(1964-2010),说明该群至今仍在流行。本探讨鉴定出1株EV73山东分离株(04088),位于基因群B,但与其他分离株均无密切的亲缘联系(平均遗传距离为0.184,VP1同源性在75.9%-84.1%之间)。(2)本探讨鉴定出1株EV74山东分离株(05293),与GenBank中的其他所有分离株的平均遗传距离为0.194,显示了山东分离株与其他分离株均无密切的亲缘联系。鉴于目前GenBank中的EV74基因序列较少,且大部分分离株之间无密切的亲缘联系,由此目前的探讨数据上不支持进行型内基因群的划分。(3)本探讨鉴定出2株EV75山东分离株(97102和97209),均来自1997年的AFP病例。GenBank中的全球EV75分离株可分为2个基因群：A和B。其中基因群B包括5个成员,全部来自中国大陆地区(山东省和云南省),均分离自AFP病例。山东分离株与云南分离株的平均遗传距离为0.128,而与其他分离株的平均遗传距离为0.247。EV75山东分离株之间的核苷酸同源性为100%,与国外其他病毒株VP1核苷酸同源性均较低,在71.0%-77.8%之间。通过基于贝叶斯MCMC策略的进化遗传学浅析显示,全球EV75起源于1956年,以每年每个核苷酸位置变异1.647×10之个碱基的速度进化。(4)本探讨共鉴定出2株EV76山东分离株(04360和05048),二者之间的核苷酸同源性很高(99.7%),属于同一个传播链；这两株病毒分别分离自济宁市汶上县和临沂市河东区,提示当时在这两个地区之间有着着远距离的传播。山东分离株与原型株FRA91-10369的同源性为86.0%,与云南分离株171-99的同源性为86.9%,与其他分离株的同源性为80.7%-94.7%。(5)本探讨共鉴定出3株EV80山东分离株(97249,98323和04HZ+I),与原型株CA67-10387的VP1核菅酸同源性为76.4%-81.7%。98323和04HZ+I的核苷酸同源性分别为95.6%,显示了较高的亲缘联系,但97249株与其他两株的亲缘联系较远,VP1核苷酸同源性为80.3%-82.0%。(6)本探讨共分离到1株EV87山东分离株(OOLY+2),这是国内首次分离到EV87。与原型株BAN01-10396的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.3%和97.0%。(7)本探讨共分离到3株EV90山东分离株(01336,01421和03446),属于基因群B,这是国内首次分离到EV90。3株EV90山东分离株之间核苷酸同源性为96.7%-98.0%,显示了密切的亲缘联系。与原型株BAN99-10399的核苷酸同源性为90.8%-91.4%,与国外其他分离株的核苷酸同源性为77.7%-92.3%。(8)本探讨共分离到2株EV96山东分离株(05517和09228C1),核苷酸同源性分别为81.6%,显示了较远的亲缘联系。与原型株BAN00-10488的核苷酸同源性为78.1%-81.0%,与国外其他分离株核苷酸同源性为77.6%-87.9%。进化树上也位于独自的分支。(9)本探讨共分离到1株EV97山东分离株(99188),这是国内首次分离到EV97。与国外其他6株EV97病毒株的亲缘联系均较远。VP1编码区3’端(nt,817-834)有着18nt的核苷酸的缺失。4.新型HEVs山东分离株各基因型的全基因组序列特点与重组EV71、EV73、EV75、EV76、EV90、EV96、EV97的全基因组序列浅析显示,在新型HEVs山东分离株的非结构蛋白编码区,均发现了基因重组的证据：在该区域,EV71山东株序列与CVA14原型株G14和CVA16原型株G10同源性较高；EV73、EV75山东分离株与国内HEV-B分离株Echo30/Zhejiang/17/03/C同源性较高；EV76山东分离株与EV89和EV90原型株同源性最高；EV90山东分离株01421与芬兰株F950027的型内重组；EV96山东分离株09228C1和EV102原型株(EF555645)同源性最高；EV97山东分离株99188株与Echo9分离株DM和Echo30分离株Zhejiang/17/03/C同源性最高。EV90、EV96和EV97的全基因组序列浅析还显示,在山东分离株的衣壳蛋白P1编码区,发现核苷酸的缺失,缺失的数目分别是3个或18个核苷酸,均不会导致蛋白质的移码突变。核苷酸插入缺失的位点,正是不同血清型间衣壳蛋白编码区长度变化的区域,如VP3或VP1的3t端等。提示HEVs衣壳蛋白在进化历程中,在点突变尚未积累到导致血清型发生转变的程度时,核苷酸的插入或缺失可能已经出现。[主要结论与倡议]1.在山东省监测病例中发现多种新型HEVs,其中EV87、90、97血清型和EV71C2亚型为中国大陆地区首次发现。本探讨共发现213株新型HEVs山东分离株,分为10种血清型,即EV71、EV73、EV74、EV75、EV76、EV80、EV87、EV90、EV96、EV97。EV71分别源自AFP病例、HFMD病例和无菌性脑膜炎病例,其他9种血清型全部来源于AFP病例。2.EV71是目前最为常见的致病新型HEVs,特别是导致自2007年以来中国大陆HFMD的广泛流行。本探讨首次证实2007年在山东省临沂市发生的HFMD暴发的病原为EV71；在EV71亚型在我国大范围流行之前,我国有着着其他亚型的EV71,其在我国的流行范围和时期需更多的回顾性分子流行病学探讨来阐明。此外,EV71是山东省无菌性脑膜炎病例的重要病原之一。3.除EV71之外,其他新型HEVs在山东省的分离率低,提示尚未在本地大规模地传播流行。4.各新型HEVs山东分离株与国内外分离株相比具有较大的核苷酸差别,亲缘联系较远；核苷酸的插入和缺失参与了新型HEVs衣壳蛋白编码区的进化。5.新型HEVs山东分离株的全基因组序列中均有重组发生的证据,确切的重组来源需要其他不同时期、不同地域分离株的基因组序列信息来阐明。6.鉴于新型HEVs已在山东省监测病例中广泛有着,倡议今后我国应继续加强新型HEVs的监测及其地方分离株的分子流行病学探讨工作。关键词：新型人类肠道病毒论文山东地方株论文基因型论文分布论文分子流行病学论文种系发生论文
摘要10-16
Abstract16-23
符号说明23-25
前言25-32
一、背景25-30
(一) 人类肠道病毒(HEVs)的分类25-26
(二) 新型HEVs的致病性26-27
(三) 新型HEVs的流行情况27-28
(四) HEVs病原学及分子进化28-29
(五) 国内外探讨近况29-30
二、探讨目的与作用30-31
(一) 本探讨的作用30-31
(二) 本探讨的目的31
三、本探讨的技术路线31-32
材料与策略32-48
一、材料32-40
(一) 标本与资料来源32
(二) 细胞培养材料32-34
(三) 病毒分离实验材料34-35
(四) 中和实验材料35
(五) 核酸提取及RT-PCR实验材料35-37
(六) 引物设计合成37-39
(七) 琼脂糖凝胶电泳材料39
(八) DNA序列测定材料39-40
(九) 生物信息学软件40
二、策略40-47
(一) 细胞培养40-41
(二) 病毒分离41
(三) 血清学型别鉴定41-42
(四) 病毒核酸(RNA)的提取42-43
(五) 逆转录-聚合酶链反应43-44
(六) 琼脂糖凝胶电泳44
(七) 序列测定44-46
(八) 分子定型与序列提交46
(九) 系统发生学浅析与同源性浅析46
(十) 进化遗传学浅析46-47
(十一) 重组浅析47
三、质量制约47-48
(一) 实验中的质量制约47
(二) 其他步骤质量制约47-48
结果48-99
一、新型HEVs山东分离株的鉴定与基因型分布48-52
(一) AFP监测系统来源的新型HEVs48
(二) HFMD病例来源的新型HEVs48-50
(三) 无菌性脑膜炎病例中的新型HEVs50-52
二、新型HEVs山东分离株的细胞病变特点52-53
(一) 细胞敏感性浅析52-53
(二) 在敏感细胞上的CPE特点53
三、新型HEVs VP1序列浅析与进化遗传学探讨53-83
(一) EV71山东分离株遗传进化浅析54-59
(二) EV73山东分离株遗传进化浅析59-62
(三) EV74山东分离株遗传进化浅析62-65
(四) EV75山东分离株遗传进化浅析65-69
(五) EV76山东分离株遗传进化浅析69-72
(六) EV80山东分离株遗传进化浅析72-75
(七) EV87山东分离株遗传进化浅析75
(八) EV90山东分离株遗传进化浅析75-77
(九) EV96山东分离株遗传进化浅析77-81
(十) EV97山东分离株遗传进化浅析81-83
四、新型HEVs全基因组序列浅析83-99
(一) EV71的全基因组序列浅析83-84
(二) EV73和EV75的全基因组序列浅析84-86
(三) EV76的全基因组序列浅析86-88
(四) EV90的全基因组序列浅析88-91
(五) EV96的全基因组序列浅析91-95
(六) EV97的全基因组序列浅析95-99
讨论99-108
一、新型HEVs山东分离株的基因型分布99-102
二、新型HEVs的细胞病变特点102
三、新型HEVs的分子进化102-105
(一) EV71山东分离株的分子进化102-104
(二) 其他新型HEVs山东分离株的分子进化104-105
四、新型HEVs的基因组序列浅析105-108
本探讨的主要革新点和不足108-109
后续探讨方向109-110
结论与倡议110-111
附录、附表111-118
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